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File root = new File(proyecto.getWorkingDirectory(), "home/");
aqui estas diciendo que te de el directorio donde estas trabajando y le agregas home/
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IOFileFilter ageFilter = new AgeFileFilter(System.currentTimeMillis() - 3600L);
aqui estas poniendo que el tiempo en milesimas del sistema menos 360 sea el tiempo limite del filtro
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root.listFiles(DirectoryFileFilter.DIRECTORY)
Aqui estas listando los archivos de home
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new PrefixFileFilter(version.getName() + "-viejos-"
por lo que entiendo los archivos que tengan el prefix -viejos- seran borrados