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Entonces es el primer codigo que te pase donde lo que le pasas por parametro es una cadena de la ubicacion del programa que abre el archivo y el archivo que tiene que abrir

"C:\windows\notepad.exe C:\Users\usuario\Desktop\archivo.txt"

Empieza con algo más sencillo. Buscate problemitas resueltos en java que te ayuden a entender mejor la metodologia de programacion orientada a objetos.

Lo digo como consejo. Ya tu elige lo que mejor veas oportuno.

Pensaba que lo querías para desde java crearte un acceso directo a archivos .exe de windows.

Para hacer lo que tu dices tienes que crearte un archivo.jar. En eclipse se generan automáticamente pulsando en file/export  Java/Runnable Jar File

Si quieres hacerlo manualmente busca información sobre los .jar.

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try
{
  /* directorio/ejecutable es el path del ejecutable y un nombre */
  Process p = Runtime.getRuntime().exec ("directorio/ejecutable");
}
catch (Exception e)
{
  /* Se lanza una excepción si no se encuentra en ejecutable o el fichero no es ejecutable. */
}


Es eso?

El problema es que el set text borra el anterior contenido de jtextarea
por eso te aparecia siempre solo el ultimo valor

[ln]

System.out.println

LN sobra de las dos sentencias

¿Está todo dentro de un mismo archivo? Separaló en dos archivos independientes y ponle el mismo nombre al archivo que el de la clase.

A saber, la mayoría de la gente tira de IDEs para programar y no se molesta en configurar esas cosas.
Instalate Eclipse o NetBeans para futuros proyectos.

Pero el problema está cuando los exportas a jar? Cuando los llamas desde la consola java?
pon un pequeño main de ejemplo de como lo haces y como lo ejecutas para que podamos ver donde te puedes estar equivocando.

El problema de tenerla dentro es que no se puede modificar esta.

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this.getClass().getResource("cadena")