Ostras, pues gracias por la información. Ves lo que decía, gente brillante
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//Quite este script porque me ofende como linuxero
//Pero para el que aun no lo haya visto, que siga leyendo
//La verdad es que es bastante triste...
String s_origen = "/home/universitariosQueNoSabenBuscarEnGoogle/ficheroOrigen.txt", s_destino = "/home/universitariosQueNoSabenBuscarEnGoogle/ficheroDestino.txt";
try {String linea="", contenido="", cosaquequierebuscar="a saber";
FileWriter escritor;
while((linea = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(new File(s_origen)))).readLine() ) != null) {contenido += linea;}
if(contenido.indexOf(cosaquequierebuscar) != -1) {(escritor = new FileWriter(new File(s_destino))).write(cosaquequierebuscar);escritor.close();}
}catch(Exception ex) {System.out.println("Algo falló");}
}
gedit documento1 & gedit documento2