Solucionado, el problema era que solo había que cambiar de función y es el siguiente por si alguien le sirve:
if(copy($_FILES['userFile']['tmp_name'], $uploadFile)) { if(copy($_FILES['userFile']['tmp_name'], $uploadFileThumbs))
Un saludo.
if(copy($_FILES['userFile']['tmp_name'], $uploadFile)) { if(copy($_FILES['userFile']['tmp_name'], $uploadFileThumbs))
Un saludo.