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Estás en lo correcto. El método trim() elimina los espacios de una cadena de caracteres. Por lo que es siempre conveniente primero aplicar el método trim() a la cadena y luego hacer el Split.

[ArrayIndexOutOfBoundsException]

ArrayIndexOutOfBoundsException lo lanza la máquina virtual cuando se intenta acceder a un índice inexistente en un array. Si te fijas en el stacktrace, que es el rastreo de pila de tu aplicación, te mostrará la línea en donde ha ocurrido la excepción y nada más tienes que indentificar el fallo y corregirlo.