A ver, el problema de la actualización es que solo actualiza la versión del software, pero no borra nada (bueno, cydia si xD), en cambio, si restauras, se borra completamente todo, si quieres que no te cojan conversaciones de whatsapp, borra backups de iTunes y restaura el iPhone por completo, y reinstalas whatsapp. La verdad, a mi me parece mas segura la actualizaciones desde iTunes, como bien hiciste, pero de todas formas, antes de plantearte la opción de restaurar, prueba lo que te dije del SBSettings y borrar los archivos *.sqlite desde iFile.
Saludos
Saludos