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Cuándo pongas la etiqueta 'code' para poner el código usa, en la apertura 'code=c' para el resalto de sintaxis.
No uses fflush(stdin), muy mala práctica.

Pon todo el código para que podamos ver dónde está el fallo. Aquí solo se ve como llenas una estructura.

Código (c++) [Seleccionar] Expandir


int main() {
    int x;
    do {
        int a,b,suma
        b=1;
        cin>>a;
        suma=a+b;
        cout<<suma;
        cout<<"Quiere volver a ejecutar el programa?\n\n1. si\n2. no\n\n";
        cin>>x; 
if(x==1)
    system("CLS");
    } while(x==1);
}

o

Código (c) [Seleccionar] Expandir

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main() {
    int a,b,suma,x;
    reinicio:
    b=1;
    scanf("%i", &a); fgetc(stdin);
    suma=a+b;
    printf("%i\n", suma);
    printf("Quiere volver a ejecutar el programa?\n\n1. si\n2. no\n\n> ");
    scanf("%i", &x);
    if(x==1) {
        system("clear");
        goto reinicio;
    }
}

La cosa está en repetir el código de main desde la primera instrucción.

La unidad es el segundo: 1.000000 es 1 segundo.

Si haces Vec=Aux y delete Aux lo liberas todo, si acaso deberías copia el array por valorz en vez de por referencia.
Para liberar arrays, que yo recuerde,  es con delete[] en vez de simplemente delete.
Por lo demás lo he revisado por encima. Puede que haya más cosas.

Con el problema de contar los tiempos: yo he terminado de hacer este programa y me cuenta hasta los microsegundos.

Código (c) [Seleccionar] Expandir


#include <stdio.h>
#include <time.h>

int main() {
    time_t c=clock();
    long unsigned j = 1;
   
    for(long unsigned i = 0; i < 1000000000; ++i) {
        if(i == j) {
            printf("t(%lu) = %f\n", j, (clock() - c)*1.0/CLOCKS_PER_SEC);
            j *= 10;
        }
    }
    printf("t(%lu) = %f\n", j, (clock() - c)*1.0/CLOCKS_PER_SEC);
   
    return 0;
}

Las macros se expanden en tiempo de compilación. Parw ofuscar el código de descifrado esto es demasiado directo.

Si usas Unix o derivado usa el comando time. Suponiendo que tu programa se llame 'mi_programa'
escribe en el shell

Código (Bash) [Seleccionar] Expandir

time ./mi_programa

Sí, pero es muy difícil que alguien te quiera echar un capote cuándo empiezas empiezas primero de carrera y estás pidiendo ayuda para un proyecto de final de carrera.

Lo que has pedido es como:
"Me gustaría hacer un procesador de texto tipo Word, tengo este código

Código (c) [Seleccionar] Expandir

#include <stdio.h>
int main() {

    return 0;
}

¿Alguien me ayuda a terminarlo?"

El problema lo creas en como intentas leer los números

Código (c) [Seleccionar] Expandir

for (j = i; especie [j] != '-'; j++) {
    e.num_ejemplares = especie [j];
Puedes ver que introduces en e.num_ejemplares cada uno de los caracteres de la cadena. Mal porqué no son números en sí, son caracteres y porque a cada uno que vas encontrando lo estas metiendo en la variable mencionada sobreescribiendo el anterior.
Podriaa usar strtok y te quitarías mucho trabajo de encima pero si no puedes, porque no la habéis estudiado, puedes hacer otra cosa:
Vas leyendo cada caracter hasta ahora y miras si es un digito mediante isdigit, o te hacea tu propia función, si no la habeis estudiado.
Si el paso anterior ha tenido éxito metes el caracter en una cadena auxiliar.
Cuando tengas la cadena construida, mediante atoi, la conviertes en un número y lo metes en la variable del struct.
Si fallan los pasos anteriores paras e indicas el error.
Y así para todos los números.

También han eliminado la propuesta de Rocinante.