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el punto y coma del while sobra... 

El peligro no está en la función, sino en cómo se le pasan los parámetros:

http://en.wikipedia.org/wiki/Format_string_attack
http://crypto.stanford.edu/cs155/papers/formatstring-1.2.pdf

Tienes tres opciones, una como bien te han dicho es usando isspace (recorres con un for la cadena y compruebas la posición actual con isspace y si es verdadero incrementas tu contador), otra es usar strchr, y otra strtok.

:http://www.opengroup.org/onlinepubs/009695399/functions/isspace.html
:http://www.opengroup.org/onlinepubs/000095399/functions/strtok.html
:http://www.opengroup.org/onlinepubs/009695399/functions/strchr.html

¿Por qué debería quedarse a cero?

Shifts the bits in the first operand (destination operand) to the left or right by the number of bits specified in the second operand

Es decir, divide EAX.

Aquí tienes bastante información sobre la instrucción: http://faydoc.tripod.com/cpu/shr.htm

Si no entiendes del todo qué o cómo lo hace, hazte un codigo en asm que use shl con valores pequeños, y depuralo.

enhorabuena!

Por cierto, tengo una pregunta xD. En el apartado 4, después de la segunda captura, dice "(...)debemos fijarnos en las que realmente afectan a la bandera Z(...)", entiendo que sea así por la condición del salto, pero tanto AND como XOR modifican el flag Z, lo único que sabes es que el flag z debe valer 1, y para ello AH debe valer 0x40, por tanto, viendo justo la instrucción anterior (FSTSW AX) que modifica ax, no deberías buscar las instrucciones de la FPU que modifican la parte alta del registro de estado?

para modificar el comportamiento de algo, debes comprender su funcionamiento. Hasta ahora la unica forma que yo he encontrado de hacer eso es estudiando, leyendo y después probando. Si encuentras otra, iluminanos.

Si no quieres hacer eso, comprate un scalextric y cambia los leds de los semaforos.

aprende electrónica analógica y digital, sobre todo autómatas

Pon los archivos en una ruta mas  corta, por ejemplo C:\rootkit o algo por el estilo y prueba

la ruta de trabajo no debe contener espacios

esta página te servirá como introducción http://www.hackemate.com.ar/mirrors/karpoff/manuales/asm_win32/tut1_es.html

Después de ese, podrías leerte el taller de E0N http://foro.elhacker.net/troyanos_y_virus/abril_negro_2008_taller_de_asm-t208188.0.html

No te vendría mal leerte algo sobre 16bits

y mi respuesta lo dice todo, prográmatelo. de nada