Mu facil creas un archivo nuevo con la cabecera que tu quieras y despues añades el contenido del archivo anterior y luego pegas el cambiazo ^^
Código (dos) [Seleccionar]
echo "cabecera" > ArchivoNuevo.txt
for /f "tokens=*" %%a in ('type mifichero.txt') do ( call :uno %%a)
del /f /q mifichero.txt
rename ArchivoNuevo.txt mifichero.txt
:uno
set pam = %*
echo %pam% >> ArchivoNuevo.txt
goto :EOF