Este problema es más común de lo que piensas, los Resources se guardan de 2 formas básicas para no entrar en detalles, en array de Bytes y en String, el problema común es creer que los resources como ejecutables, imagenes, etc; se guardan a forma de String cuando estos son realmentes Array de Bytes, otra cosa que suele pasar es aplicar .ToString creyendo que vamos a pasar los Bytes a String.
Ahora vamos con tu error concretamente, si My.Resources.Source1 es un ejecutable en resources, osea un Array de Bytes, y quieres reemplazar una palabra o cadena en especifico, debes pasar el resource a String cuidando el Encoding, reemplazar el texto y devolverlo a Array Bytes algo parecido a esto:
Claro hay está todo en una línea.
Ahora vamos con tu error concretamente, si My.Resources.Source1 es un ejecutable en resources, osea un Array de Bytes, y quieres reemplazar una palabra o cadena en especifico, debes pasar el resource a String cuidando el Encoding, reemplazar el texto y devolverlo a Array Bytes algo parecido a esto:
Código (vb.net) [Seleccionar]
System.Text.Encoding.Dafult.GetBytes(System.Text.Encoding.Dafult.GetString(My.Resources.Source1).Replace("Eliminar", ""))
Claro hay está todo en una línea.