Lo siento, olvidé poner que ya he encontrado el fallo. Resulta que al entrar de nuevo en el while, el nextInt() cogía el "enter" cuando lo pulsas.
Dentro del while, así es como quedaría:
La línea 13 sería la instrucción añadida.
Dentro del while, así es como quedaría:
Código (java) [Seleccionar]
while (!fin){
System.out.println(partida);
String colorTurno = "turno de la ficha " + partida.colorFicha();
System.out.println(colorTurno.toLowerCase());
System.out.print("¿Que quieres hacer? ");
String comando;
comando = in.nextLine();
if(comando.equalsIgnoreCase("PONER")) {
System.out.print("Introduzca la columna: ");
int c = this.in.nextInt();
this.in.nextLine();
La línea 13 sería la instrucción añadida.