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van a salir tropecientas,
igual es conveniente crear varios módulos cada uno orientado a una serie de tareas concretas y no tan genérico

Éste va a ser el listado definitivo de las funciones?
No, tengo que hacer una encuesta, ya que muchas de las funciones actualmente expuestas rozan la ilegalidad y pueden estar fuera del Hacking Ético

eso me ha hecho reír ... 

no tiene sentido poner </tr> y </td>

de hecho desde que comencé con html nunca los he puesto, es una feature que tiene

los navegadores son los encargados de interpretar los códigos y realmente no tiene ninguna utilidad ya que cuando comienza otro <td> se cierra el anterior automáticamente y lo mismo ocurre con los <tr>
si fuese xml ya sería otro cantar

no tiene sentido poner ni </tr> ni </td> lo único que hace es ocupar ancho de banda 

siguiendo tu esctructura, yo haría algo así

Código [Seleccionar] Expandir

<?php
echo "<table><tr>";
                $contador=1;
while($row = mysql_fetch_array($result)){
if($contador > 3){
//saltamos de línea
echo = "<tr>";
$contador = 1;
}
echo "<td><a href='?action=detalle&id=" . $row['idContacto'] . "'>";
echo "<img src='http://localhost/directorio/directorio/" . $row['path'] . " width=100></a>";

                       $contador ++;
}
echo "</table>";
?>

con *.ocx o clases no tiene más misterio, existen multitud de páginas con interfaces y ocx gratuitos, googleando un poco te hartarás xD

el js se descarga en el cliente siempre ya que es un lenguaje cliente y no servidor como php, así que me temo que poco puedes hacer, siempre podrán verlo

con el cron disparas un script php cada x time y k el script se encargue de comprobar si se cumple o no la condicion para enviar mails

*.vbp los proyectos

la guardas en un archivo y al encender el programa cargas el archivo si no sabes hacer eso busca por el foro que esta trilladisimo el tema

veo que no me has entendido... yo te estoy diciendo desde php, de hecho la funcion y definicion que te paso es la de php...
si quieres guardar fechas en timestamp en la base de datos hazlo en un bigint y pon el espacio que necesites... que manera de complicarse más absurda tiene la gente xD