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Ese código no es así.
Si entrás a la página, te podés fijar que esa parte de la condición del while, del if, y de muchas otras estructuras de control se encuentran en una imágen que, por alguna razón, no pueden ser leídas.
Por eso no vas a poder ver el code completo.

EDIT: Por ejemplo, una de las imágenes que corresponden a esa parte de la condición tiene el siguiente link: http://blog.txipinet.com/index.php/2007/01/11/readbyte=read%28fd,readmain,writebyte

Te recomiendo que agarres lápiz y papel y hagas el seguimiento del programa.
En tu primer code, supongamos que tu base es "2" y tu exponente "3" (por ende, el resultado debería ser 8).

En tu primer code, entra al for (n == 1) --> base = base*base --> 2 = 2*2 --> base == 4.
sigue en el bucle for (n == 2) --> 4 = 4*4 --> base == 16
sigue en el bucle for (n == 3) Aquí ya no entra puesto que 3 < 3 es falso.

Esto obviamente está mal.

Veamos, vos tenés tu base, tu exponente, y podés utilizar un acumulador.
Entonces, podemos inicializar nuestro acumulador antes de entrar al bucle for:

acumulador = base

Recuerda que no se debería de perder la información ni de la base, ni del exponente en ningún momento del programa (ese es tu fallo en tu primer code, sobreescribís la variable base).

Al haber inicializado, podés entrar en el bucle for sin problemas.

entra al for (n == 1) --> acumulador = acumulador*base --> 2 = 2*2 --> acumulador == 4.
sigue en el bucle for (n == 2) --> 4 = 4*2 --> acumulador == 8
sigue en el bucle for (n == 3) Aquí ya no entra puesto que 3 < 3 es falso.
Nuestro acumulador nos da el resultado correcto.

Código (java) [Seleccionar] Expandir

acumulador = base;
for(int i=1;i<potencia;i++)
{
      acumulador=acumulador*base;
}

IOConsole.println("El resultado es "+acumulador+"");

Pensemos.

¿Qué es estrictamente la potencia de un número?
Es multiplicar ese mismo número por si mismo, cuantas veces diga el exponente.
Si vos tenes la base y el exponente que te pasan por consola, podes realizar un bucle for desde el 1 al valor correspondiente al exponente, e ir acumulando las multiplicaciones de la base.

Fuera del bucle, imprimir el acumulador.

En cuanto a qué bucle utilizar, puedes usar el que te parezca más cómodo.
Recuerda que usando do-while, al menos una vez SEGURO, vas a entrar al bucle y se ejecutará eso. Usando while puede que no entre ni una vez, así que usa el que convenga o que el más te guste.

La duda sobre cómo almacenar los datos nada tiene que ver con el bucle que uses. Quizás cambie un poco el code pero sería algo casi imperceptible. Lo que te debes preguntar es cómo guardar el struct.
Lo que puedes hacer es guardar los structs en un arreglo, e ir guardando los diferentes datos de entrada en los diferentes structs que se encuentran en cada elemento del array.
Si conoces listas, también puedes usarlas. No se, hay muchas formas.

Mira lo primero SFML es mejor que todas esas.
lo segundo SDL no es difícil tienes que saber manejarte en c.
tercero SFML usa clases.
cuarto te recomiendo SFML por que yo empece con SDL cuando no tenia conocimientos de SFML y me pase a SFML por que el proyecto SDL esta abandonado.
quinta aquí tienes la documentación.
http://www.sfml-dev.org/documentation/1.6/annotated.php

1) ¿Por qué SFML es mejor que todas esas?
2) ¿Dónde viste que SDL está abandonado?

EDIT: dislexia

Un verdadero visionario. Sin él, quien sabe si Von Neumann hubiese podido dar ese salto en el diseño de los ordenadores.
Uno siempre admira gente como él, capaces de dar una vuelta de tuerca y sacar ideas de la cabeza que nadie siquiera tiene la capacidad de imaginar (mucho menos de implementar).

Hola!

Este tipo de problemas puedes postearlo en el subforo de programación C/C++. Ahí es donde corresponde.

Sobre tu problema, lo primero que veo es que no utilizas bien las estructuras de control.
¿Utilizas un do-while, o usas un do, y después haces un while?

Supongo que quieres usar un do-while.
Por ende, debes borrar las llaves que encierran el "printf". Están de más!

Otra cosa, la firma del main es muy fea de esa manera y no es estándar.
Puedes usar la forma

Código (c) [Seleccionar] Expandir

int main(){
//codigo
return 0;
}

(lo ideal sería que uses:

Código (c) [Seleccionar] Expandir

int main (int argc, char* argv[]){
//codigo
return 0;
}

pero no son necesarios los argumentos en este caso).

Saludos!

No entiendo bien tus esquemas del final.

Simplemente, la clase 2 tendría un atributo que sería un struct1*.
Entonces en el setStruct(struct* puntero) le pasas la dirección del atributo de la clase 1 (que sería un struct). Este último método debe ser público y devolver un void.

¿Esto está claro?
No entiendo bien la pregunta.

Nah, ni siquiera hay sindicatos acá afaik ... los nerds(geeks) no sirven para eso (perdón, suena horrible), sólo son trabajadores obedientes que en general su respuesta es bajar la cabeza ... y así les explotan

Saludos.

Totalmente.
Generalmente los informáticos de acá entran en el sindicato de empleados de comercio, pero más bien depende de dónde entrás a laburar.
Con el quilombo de los despidos en IBM hace un tiempo se intentó organizar algo según recuerdo (estuvieron tirando data en el foro de la facultad de ingeniería), pero también, hasta donde sé, quedó todo en la nada.

Jajaj, cosas que pasan en la batalla contra el código
Un simple ";" puede destruirte varias horas jeje