Muchas gracias a todos los que comentaron, pues la verdad lo pude solucionar borrando la variable la cual iguale anteriormente a la matriz e inicializando el for en 0.
Código (cpp) [Seleccionar]
int alumnos, clases, n;
cout << "digite el numero de alumnos" << endl;
cin >> alumnos;
cout <<"digite el numero de clases" << endl;
cin >> clases;
int matriz [2][3]={{0}};
for (int i=0; i<alumnos ; i++){
for (int j=0; j<clases ; j++){
cout << "por favor digite la nota de la clase" << j << endl;
cin >> matriz[i][j];
}
}
cout << "-------------------------------------" << endl;
for (int i=0; i<alumnos ; i++){
for (int j=0; j<clases ; j++){
cout << matriz[i][j] << " " ;
}
cout << "\n" ;