En vez del método Hide() intenta cambiar la propiedad "Visible" a falso y dinos si te sigue dando el mismo problema.
En caso de que el problema persista, verifica si tienes algún código en el evento "VisibleChanged()" del formulario y que sea esta la razón por la que desaparee después de un tiempo.
En caso de que el problema persista, verifica si tienes algún código en el evento "VisibleChanged()" del formulario y que sea esta la razón por la que desaparee después de un tiempo.