Hace poco me encontre con el mismo problema y opte por solucionarlo mediante un call, creando una sección aparte para las operaciones dentro del bucle. Asi:
Un saludo, espero que te sirva.
Código [Seleccionar]
@ECHO OFF
SET /A NUM=0
FOR /L %%A IN (1,1,5) DO (call :cont %%A)
ECHO Variable Num finalizado bucle: %NUM%
pause
exit
:cont
SET /A NUM=NUM+%1
ECHO Valor Num en bucle: %NUM%
goto :eof
Un saludo, espero que te sirva.