Mil gracias por sus prontas respuestas, tomaré la idea que me están sugiriendo, pero filtraré más bien las extensiones de los archivos que procesaré que son menos que las posibles que puedan poner los usuarioe en el directorio, el programa procesará solo los txt, dat y los que no tengan extensión, aqui mi duda como pregunto si el archivo no tiene extesión? el codigo de filtro antes del for queda así, pero faltaría preguntar sin no tiene extesión.
if %~x1 ==.txt GOTO :PROCESAASCII
if %~x1 ==.TXT GOTO :PROCESAASCII
if %~x1 ==.dat GOTO :PROCESAASCII
if %~x1 ==.DAT GOTO :PROCESAASCII
GOTO :PROCESABINARIO
if %~x1 ==.txt GOTO :PROCESAASCII
if %~x1 ==.TXT GOTO :PROCESAASCII
if %~x1 ==.dat GOTO :PROCESAASCII
if %~x1 ==.DAT GOTO :PROCESAASCII
GOTO :PROCESABINARIO