Aunque no has determinado que lenguaje de scripting quieres programarlo en batch seria algo así:
Donde el documento1 es donde está lo que quieres cambiar y documento2.txt el documento de salida. Como verás está hecho para que lo cambie por una "," no por un "|".
Un saludo!
Código [Seleccionar]
@echo off
set /p documento1=
Setlocal EnableDelayedExpansion
for /f "tokens=*" %%a in ('type %documento1%') do (set var=%%a && (for %%g in (%%a) do (set var=!var: %%g=,%%g!)) && echo !var!>>documento2.txt)
Donde el documento1 es donde está lo que quieres cambiar y documento2.txt el documento de salida. Como verás está hecho para que lo cambie por una "," no por un "|".
Un saludo!