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tengo un error similar
apt-get -y install linux-headers-$(uname -r)
Leyendo lista de paquetes... Hecho
Creando árbol de dependencias       
Leyendo la información de estado... Hecho
E: No se ha podido localizar el paquete linux-headers-4.3.0-kali1-amd64
E: No se pudo encontrar ningún paquete usando «*» con «linux-headers-4.3.0-kali1-amd64»
E: No se pudo encontrar ningún paquete con la expresión regular «linux-headers-4.3.0-kali1-amd64»

trato de instalar vmware 

tengo los repositorios oficiales 

yo agrege los de kali sana tambien y me jalo super bien