Ya lo he solucionado, simplemente cree otro grid layout para acomodar en el ambos gridLayout

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Mostrar Mensajes Menúpackage MATRIZEJ2VCA;
import javax.swing.JApplet;
import javax.swing.*;
import java.awt.*;
import java.awt.event.*;
public class MATRIZEJ2VCA extends JApplet implements ActionListener{
Container C_Ventana;
BorderLayout BL_Esquema;
GridLayout GL_Esquema_Entrada1, GL_Esquema_Entrada2;
FlowLayout FL_Esquema_Salida;
JPanel P_Entrada1,P_Entrada2, P_Salida;
JLabel L_Matriz1, L_Matriz2;
JTextField TF_Matriz1[][], TF_Matriz2[][];
JButton B_Visualizar;
JTextArea TA_Resultado;
String cadena;
int Matriz3[][];
public void init() {
C_Ventana=getContentPane();
BL_Esquema= new BorderLayout(5,5);
C_Ventana.setLayout(BL_Esquema);
GL_Esquema_Entrada1= new GridLayout(3,4,5,5);
GL_Esquema_Entrada2= new GridLayout(4,3,5,5);
P_Entrada1= new JPanel();
P_Entrada1.setLayout(GL_Esquema_Entrada1);
P_Entrada1.setLayout(GL_Esquema_Entrada2);
P_Entrada2= new JPanel();
P_Entrada2.setLayout(GL_Esquema_Entrada2);
FL_Esquema_Salida= new FlowLayout();
P_Salida= new JPanel();
P_Salida.setLayout(FL_Esquema_Salida);
L_Matriz1= new JLabel("MATRIZ 3X4");
C_Ventana.add(L_Matriz1, BorderLayout.BEFORE_FIRST_LINE);
L_Matriz1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
C_Ventana.add(P_Entrada1,BorderLayout.WEST);
L_Matriz2= new JLabel("MATRIZ 4X3");
C_Ventana.add(L_Matriz2, BorderLayout.CENTER);
L_Matriz2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
C_Ventana.add(P_Entrada2,BorderLayout.EAST);
TA_Resultado=new JTextArea();
TA_Resultado.setEditable(false);
P_Salida.add(TA_Resultado);
C_Ventana.add(P_Salida, BorderLayout.SOUTH);
B_Visualizar=new JButton("VISUALIZAR");
B_Visualizar.addActionListener(this);
P_Salida.add(B_Visualizar);
cadena="";
Matriz3= new int [3][3];
TF_Matriz1= new JTextField[3][4];
for(int i=0; i<3;i++){
for(int j=0; j<4; j++){
TF_Matriz1[i][j]= new JTextField();
P_Entrada1.add(TF_Matriz1[i][j]);
}//For Columnas
}//For Filas
TF_Matriz2= new JTextField[4][3];
for(int i=0; i<4;i++){
for(int j=0; j<3; j++){
TF_Matriz2[i][j]= new JTextField();
P_Entrada2.add(TF_Matriz2[i][j]);
}//For Columnas
}//For Filas
TA_Resultado.setText(cadena);
setSize(1000,1000);
setVisible(true);
}//INIT
public void actionPerformed(ActionEvent Evento){
if (Evento.getSource()==B_Visualizar){
for( int i=0; i<3;i++){
for( int j=0; j<3; j++){
Matriz3[i][j]=0;
}//For Columnas
}//For Filas
for(int j=0;j<3;j++){
for(int f=0;f<3;f++){
for (int c=0;c<4;c++){
Matriz3[j][f] += Integer.parseInt(TF_Matriz1[f][c].getText())*Integer.parseInt(TF_Matriz2[c][f].getText());
}
}
}
for(int i=0; i<3;i++){
for(int j=0; j<3; j++){
cadena+=Matriz3[i][j]+" ";
}//For Columnas
cadena+=" \n";
}//For Filas
}//Cierre if Action performed
TA_Resultado.setText(cadena);
}//Cierre ActionPerformed
}//Cierre clase