Corregido, en todas las lineas está escrito codigo. En cualquier caso el problema creo que no está a la hora de hacer el delete, sino que durante la ejecución del programa se termina escribiendo en una zona de memoria donde no se debe...
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Mostrar Mensajes Menúchar **codigo;
codigo = new char*[(5*lineas)+1];
for (i = 0; i <= 5*lineas; i++) codigo[i] = new codigo[1001];
...
[ codigo del programa ]
...
for (i = 0; i <= 5 * lineas; i++) delete[] codigo[i];
delete[] codigo;