Borras y luego compruebas, creo que deberías primero comprobar si existe el archivo y luego proceder a borrarlo. Prueba con:
Código (vb) [Seleccionar]
Private Sub Command2_Click()
If My.Computer.FileSystem.FileExists("App.Path + "\kitserver\dat\0_text.afs\unnamed_535.bin") Then
Kill App.Path + "\kitserver\dat\0_text.afs\unnamed_535.bin"
Else
MsgBox ("Archivo no encontrado.")
End If
End Sub