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¿Tienes un programa 'Burbuja' (el .exe o a.out) o un método Burbuja() ?
Si es el primer caso échale un vistazo a execv y en el segundo caso simplemente llama al método.

En android se instalan aplicaciones .apk no .jar (a menos que exista una aplicación para eso).

Pero recomiendas usar el break o el continue para salir del ciclo porque por ahi vi que no recomendaban hacerlo.

Su uso es tan válido como cualquier otra sentencia.

Pues añadir un atributo 'seleccionado' a la clase que represente a tu pieza. Puede ser de tipo booleano por ejemplo.

S2