¿Lograste resolver tu problema? Si al final ya tienes un script que te crea un archivo puedes ejecutar en el mismo proceso una llamada al script que te guarda en la base de datos. Sería algo así:
De esta manera no se tarda a la hora de guardar el archivo, y además lo dejas en screen
Código [Seleccionar]
// Código que genera el archivo
exec('screen -m -d -S php /path/to/script.php ' . $fileName);
De esta manera no se tarda a la hora de guardar el archivo, y además lo dejas en screen