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Evalua bien que tipo de QUERY estas utilizando para ejercer esto, si la tabla en cuestion de la que hablas esta en MyIsam todos los cambios seran automaticamente aplicados.. o mejor aun digamos que todo lo que hagas en una consulta sobre tablas Myisam sera un commit automatico aplicado sin poder echar hacia atras.

MySQL por defecto trae el autocommit activado (ya que asume que sus tablas seran Myisam) verifica si a lo mejor en tu caso que lo dudo pero mira ver, esta el autocommit desactivado :

mysql> show variables like 'autocommit%';

igual para activar autocommit puedes hacer :

set autocommit = 1;

Para desactivar

set autocommit = 0;

y asi desactivado poder utilizar el Rollback por si acaso.

Ojo con las llaves foraneas y asimilar que la estas utilizando 

Tu puedes perfectamente crear 2 tablas Myisam y colocar que 1 de las 2 haga un referencia *llave-foranea* a la otra.... MySQL no te dara ningun tipo de error ni nada te dira que todo se creo satisfactoriamente...

Pero, a la hora de aplicar o utilizar las ventajas de tener relaciones de este tipo notaras que curiosamente no se aplican  y diras pero porque esta basura no funciona    estoy eliminando o actualizando 2 registros de la tabla padre y en la tabla hijo no ocurre nada y todo sigue igual esta porqueria no sirve        

Y mentira, MySQL si sirve, el problema que en motores No transaccionales no va a funcionar este tipo de relaciones... asi que mucho ojo con esto