Hola, antes que nada agradecer tu respuesta Ragnarok aunque no haya servido de mucho. He encontrado la solucion y la publico por si alguien tiene el mismo problema. era sencillo solo tenia que poner la ruta absoluta del javadoc, así la solucion quedaría. c:\j2sdk1.4.2_03\bin\javadoc String.java en una ventana msdos siendo String.java el codigo del cual quiero sacar el html con los comentarios. Espero que le sirva a alguien.