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Yo creo que el fallo esta mas bien cuando escribe:

Circulo c4 = c3.crearCirculo(new Punto (3,1));

Ahi lo que esta haciendo es Crear un nuevo circulo en la variable c3 y luego iguala c4 a esa nueva c3.

Supongo que usando la clase Collection que trae java implementada podras hacerlo sin mucho esfuerzo.

la union basicamente es añadir en el conjunto C lo que hay en A + lo que hay en B.

para la interseccion tendras que ir comprobando que los elementos esten en ambos conjuntos y si estan en ambos pues lo metes en C