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Con el siguiente codigo pretendo extraer las subcadenas de longitud 4 y hacer un recuento del numero de cada patron. Para ello, convierto cada patron en un numero entero y a partir de ahi inicio el contador. No sé muy bien si las combinaciones las hace correctamente:
por ejemplo si tengo la secuencia:

s=[1 (1), 0 (2), 1 (3), 1 (4), 0 (5), 0 (6), 1 (7), 0 (8), 0 (9), 1 (10) , 1 (11), 1 (12),

1 (13), 0 (14), 0 (15), 0 (16), 1 (17), 1 (18), 1 (19), 0 (20) ];

Los numeros entre parentesis son solo para indicar el orden.
Las subcadenas de longitud 4 serian:

01: 1 (01) 0 (02) 1 (03) 1 (04) -> [1,0,1,1],

02: 1 (01) 1 (03) 0 (05) 1 (07) -> [1,1,0,1],

03: 1 (01) 1 (04) 1 (07) 1 (10) -> [1,1,1,1],

04: 1 (01) 0 (05) 0 (09) 1 (13) -> [1,0,0,1],

05: 1 (01) 0 (06) 1 (11) 0 (16) -> [1,0,1,0],

06: 1 (01), 1 (07), 1 (13), 1 (19) -> [1,1,1,1],

07: 0 (02) 1 (03) 1 (04) 0 (05) -> [0,1,1,0],

08: 0 (02) 1 (04) 0 (06) 0 (08) -> [0,1,0,0],

09: 0 (02) 0 (05) 0 (08) 1 (11) -> [0,0,0,1],

10: 0 (02) 0 (06) 1 (10) 0 (14) -> [0,0,1,0],

11: 0 (02), 1 (07), 1 (12), 1 (17) -> [0,1,1,1],

12: 0 (02) 0 (08) 0 (14) 0 (20) -> [0,0,0,0],

13: 1 (03) 1 (04) 0 (05) 0 (06) -> [1,1,0,0],

14: 1 (03) 0 (05) 1 (07) 0 (09) -> [1,0,1,0],

15: 1 (03) 0 (06) 0 (09) 1 (12) -> [1,0,0,1],

16: 1 (03) 1 (07) 1 (11) 0 (15) -> [1,1,1,0],

17: 1 (03), 0 (08), 1 (13), 1 (18) -> [1,0,1,1],

18: 1 (04) 0 (05) 0 (06) 1 (07) -> [1,0,0,1],

19: 1 (04) 0 (06) 0 (08) 1 (10) -> [1,0,0,1],

20: 1 (04) 1 (07) 1 (10) 1 (13) -> [1,1,1,1],

21: 1 (04) 0 (08) 1 (12) 0 (16) -> [1,0,1,0],

22: 1 (04) 0 (09) 0 (14) 1 (19) -> [1,0,0,1],

23: 0 (05) 0 (06) 1 (07) 0 (08) -> [0,0,1,0],

24: 0 (05) 1 (07) 0 (09) 1 (11) -> [0,1,0,1],

25: 0 (05) 0 (08) 1 (11) 0 (14) -> [0,0,1,0],

26: 0 (05) 0 (09) 1 (13) 1 (17) -> [0,0,1,1],

27: 0 (05) 1 (10) 0 (15) 0 (20) -> [0,1,0,0],

28: 0 (06) 1 (07) 0 (08) 0 (09) -> [0,1,0,0],

29: 0 (06) 0 (08) 1 (10) 1 (12) -> [0,0,1,1],

30: 0 (06) 0 (09) 1 (12) 0 (15) -> [0,0,1,0],

31: 0 (06), 1 (10), 0 (14), 1 (18) -> [0,1,0,1],

32: 1 (07) 0 (08) 0 (09) 1 (10) -> [1,0,0,1],

33: 1 (07) 0 (09) 1 (11) 1 (13) -> [1,0,1,1],

34: 1 (07), 1 (10), 1 (13), 0 (16) -> [1,1,1,0],

35: 1 (07), 1 (11), 0 (15), 1 (19) -> [1,1,0,1],

36: 0 (08) 0 (09) 1 (10) 1 (11) -> [0,0,1,1],

37: 0 (08), 1 (10), 1 (12), 0 (14) -> [0,1,1,0],

38: 0 (08), 1 (11), 0 (14), 1 (17) -> [0,1,0,1],

39: 0 (08), 1 (12), 0 (16), 0 (20) -> [0,1,0,0],

40: 0 (09), 1 (10), 1 (11), 1 (12) -> [0,1,1,1],

41: 0 (09), 1 (11), 1 (13), 0 (15) -> [0,1,1,0],

42: 0 (09), 1 (12), 0 (15), 1 (18) -> [0,1,0,1],

43: 1 (10), 1 (11), 1 (12), 1 (13) -> [1,1,1,1],

44: 1 (10), 1 (12), 0 (14), 0 (16) -> [1,1,0,0],

45: 1 (10), 1 (13), 0 (16), 1 (19) -> [1,1,0,1],

46: 1 (11), 1 (12), 1 (13), 0 (14) -> [1,1,1,0],

47: 1 (11), 1 (13), 0 (15), 1 (17) -> [1,1,0,1],

48: 1 (11), 0 (14), 1 (17), 0 (20) -> [1,0,1,0],

49: 1 (12), 1 (13), 0 (14), 0 (15) -> [1,1,0,0],

50: 1 (12), 0 (14), 0 (16), 1 (18) -> [1,0,0,1],

51: 1 (13), 0 (14), 0 (15), 0 (16) -> [1,0,0,0],

52: 1 (13), 0 (15), 1 (17), 1 (19) -> [1,0,1,1],

53: 0 (14), 0 (15), 0 (16), 1 (17) -> [0,0,0,1],

54: 0 (14), 0 (16), 1 (18), 0 (20) -> [0,0,1,0],

55: 0 (15), 0 (16), 1 (17), 1 (18) -> [0,0,1,1],

56: 0 (16), 1 (17), 1 (18), 1 (19) -> [0,1,1,1],

57: 1 (17), 1 (18), 1 (19), 0 (20) -> [1,1,1,0],

y al final obtener un recuento de las veces que se repite cada patrón y su frecuencia relativa:

0 0 0 0 ------ 161.697 - 0,0606515378844711

0 0 0 1 ------ 163.593 - 0,0613627156789197

0 0 1 0 ------ 164.201 - 0,0615907726931733

0 0 1 1 ------ 166.680 - 0,0625206301575394

0 1 0 0 ------ 164.105 - 0,0615547636909227

0 1 0 1 ------ 166.501 - 0,0624534883720930

0 1 1 0 ------ 167.099 - 0,0626777944486122

0 1 1 1 ------ 168 835 - 0,0633289572393098

1 0 0 0 ------ 164.086 - 0,0615476369092273

1 0 0 1 ------ 166.963 - 0,0626267816954239

1 0 1 0 ------ 166.931 - 0,0626147786946737

1 0 1 1 ------ 169 470 - 0,0635671417854464

1 1 0 0 ------ 166.622 - 0,0624988747186797

1 1 0 1 ------ 169.326 - 0,0635131282820705

1 1 1 0 ------ 169 251 - 0,0634849962490623

1 1 1 1 ------ 170 640 - * 0,0640060015003751

Para ello intento utilizar el siguiente codigo:

Código (cpp) [Seleccionar] Expandir

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <stdlib.h>
#include <vector>
#include <string>

using namespace std;

int main() {
string cadena;
char pr;
// ofstream fo ("entreno.txt");
ifstream fi("entreno.txt");
int numero;
int patron_int;
   }
   
//  fo.close();
getline(fi, cadena);
vector<int>v(cadena.size());
vector<int>patron(4);
vector<long long>patrones(16);
float N;

//cout << cadena;
//numero = Int32.Parse(cadena[0]);
//pr=cadena[0].c_str();
//cout << numero;
//cout << cadena[0];
for(int i=0; i<cadena.size(); i++) {
// if (cadena[i]=='1') v[i]=0;
// else if (cadena[i]=='1') v[i]=1;
v[i]=cadena[i]-48;
// cout << v[i];
}

for(int i=0;i<v.size()-3;i++) {
for(int j=i;j<v.size()-3;j++) {
patron[3]=v[i];
patron[2]=v[j+1];
patron[1]=v[j+2];
patron[0]=v[j+3];
//cout << patron[3] << patron[2] << patron[1] << patron[0] << endl;
patron_int= patron[0] + patron[1]*2 + patron[2]*4 + patron[3]*8;
//cout << patron_int << endl;
patrones[patron_int]++;
//if(i==v.size()/5) system("pause");

//system("pause");
}
N=(100*i)/(v.size()-3);
// cout << N << "%" << endl;

}

for(int i=0; i<patrones.size(); i++) {
cout << i << " se repite " << patrones[i] << " veces." << endl;
}
//cout << v.size();
system("pause");
fi.close();
return 0;
}


Pero debido a que no soy un programador experto en C++, quisiera mejorarlo y modificarlo de forma que me calculara subcuerdas de 4-20.
Primero me podrías decir que debo modificar y despues os pregunto dudas para asi intentar aprender a programar en C++.
Muchas gracias

Tengo una duda.
El siguiente codigo me calcula cuantas veces se repite una subcadena a partir de una cadena binaria.
La longitud de las subcadenas en este ejemplo es de 4. ¿ Como modificaria el codigo para obtener subcadenas de longitud desde 5 a 20?


#include <iostream>
#include <fstream>
#include <stdlib.h>
#include <vector>
#include <string>

using namespace std;

int main() {
   string cadena;
   char pr;
//   ofstream fo ("entreno.txt");
   ifstream fi("entreno.txt");
   int numero;
   int patron_int;
   //vector<int> v(1050000);
//   for (int i=0; i<170000; i++) {
//      //cout << v;
//      num=rand()%2;
//      fo<<num;
//   }
//  fo.close();
   getline(fi, cadena);
   vector<int>v(cadena.size());
   vector<int>patron(4);
   vector<long long>patrones(16);
   float N;

   //cout << cadena;
   //numero = Int32.Parse(cadena[0]);
   //pr=cadena[0].c_str();
   //cout << numero;
   //cout << cadena[0];
   for(int i=0; i<cadena.size(); i++) {
//      if (cadena=='1') v=0;
//      else if (cadena=='1') v=1;
      v=cadena-48;
//      cout << v;
   }

   for(int i=0;i<v.size()-3;i++) {
      for(int j=i;j<v.size()-3;j++) {
         patron[3]=v;
         patron[2]=v[j+1];
         patron[1]=v[j+2];
         patron[0]=v[j+3];
         //cout << patron[3] << patron[2] << patron[1] << patron[0] << endl;
         patron_int= patron[0] + patron[1]*2 + patron[2]*4 + patron[3]*8;
         //cout << patron_int << endl;
         patrones[patron_int]++;
         //if(i==v.size()/5) system("pause");

         //system("pause");
      }
      N=(100*i)/(v.size()-3);
   //   cout << N << "%" << endl;

   }

   for(int i=0; i<patrones.size(); i++) {
      cout << i << " se repite " << patrones << " veces." << endl;   
   }
   //cout << v.size();   
   system("pause");
   fi.close();
   return 0;
}