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Hola, no se si os podre ayudar con esto porque hace tiempo que no toco las fpga, pero echare una mano....

   Para grabar la memoria eeprom  tienes tres opciones:
 
   1ª Un programador comercial... caros...
   2ª Un programador sencillo que utiliza el puerto rs232 y  cuyos esquemas estan en internet, en concreto es el TE20.
   3ª Grabar la memoria eeprom insitu, es decir, en la propia placa con tan solo activar un jumper.

   Para descargar el programa a la FPGA

  La FPGA que yo estudie tenia 4 pines que se utilizaban para descargar el programa que guardemos en la eeprom, en concretos estos pines eran:   
                             DATA,
                             DONE
                             CCLK
                             PROGRAM                             

  DATA se enviaba el dato
  DONE indicaba que la fpga a terminado de descargar  el programa de la memoria eeprom.
  CCLK es la señal de reloj que se aplica a la memoria eeprom
  PROGRAM no recuerdo muy bien pero creo que era para indicarla a la fpga que se descargara el programa de la eeprom.


Tambien recuerdo que no era muy complicado asi que seguro que lo sacas, te dejo el esquema de una tarjeta entrenadora de una fpga. Un saludo y a ver si hay suerte.. FELIZA NAVIDADD

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