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[Enable PAE/NX]

Existe una opción llamada Enable PAE/NX, búscala en las configuracion de Vmware, que solventa parece ser a efectos mayores este error; no soy un entendido del tema pero tiene que ver con la gestión de energía.

Por otra parte, estaría bien indicar sobre que modelo de laptop o pc ejecutas Vmware o el software de virtualización que sea dado que diferentes laptops tienen características de virtualización quizá más nuevas o quizá que carecen y por lo tanto es un detalle a tener en cuenta.

[sudo apt-get autoremove gnome-core gnome-shell gnome-session]

Búsqueda rápida en Google:

Según se dice en líneas generales es un problema relacionado a la interfaz gráfica por lo cual recomiendan reinstalar el entorno de escritorio. Así pues si es Kali en su versión Gnome con hacer
sudo apt-get autoremove gnome-core gnome-shell gnome-session y reinstalar despues cambiando el autoremove por install.

Puedes probar a hacer eso y nos cuentas que tal pero si buscas el error en Google la mayoría de soluciones y referencias al problema tratan sobre que es un problema del driver que controla el vídeo.
Y eso sí, una opinión personal, el error como tal no hace pensar que sea un problema de vídeo sino de cualquier otra cosa excepto vídeo.

La verdad o sabría ayudarte dado mi escaso conocimiento de discos, clonado y respectivo.
Quizá una búsqueda en Google te ayude, el hecho que te saque a una consola de Dracut es buena señal porque por decirlo así el sistema funciona pero tienes que re-indicar las direcciones correctas de las particiones 

Lee esta respuesta a ver si te puede ayudar : https://ask.fedoraproject.org/en/question/40882/upgraded-system-hardware-and-now-fedora-wont-boot-from-disk-or-even-from-liveusb/.

¿Y para qué Ubuntu Gnome si Ubuntu vuelve a Gnome?

Cierto, y mira que había pensado en que alguien lo iba a comentar !
Pero, oficialmente lo hace desde la versión 17.10, es decir, en la siguiente. La ISO actual de Ubuntu 17.04 es con el escritorio Unity y o instalas el escritorio junto con Unity o coges el sabor de Gnome directo.

Se que es una interfaz vieja y es dificil de conseguir, en caso de no poder alguien me recomienda alguna distro linux que no sea minimalista en cuanto a diseño grafico (en mi opinion personal el tema Aero de Windows 7 me parece minimalista)

Por ejemplo el entorno de escritorio Gnome es bastante minimalista (a mi parecer). Puedes instalar Gnome independientemente de que tengas Kubuntu (aunque te sugiero descarte una versión de Ubuntu que traiga por defecto Gnome como Ubuntu Gnome).

[dd]

YUMI mediante emulación por WINE  . Una vez lo intenté pero no funcionó ni a la primera ni a la décima así que desistí.
dd es más que suficiente creo.

[syslinux]

¿Y en isolinux no hay nada?

No entiendo la pregunta, te refieres a syslinux ?
Por otra parte aprovechando tu pregunta otra opción gráfica sería http://www.webupd8.org/2016/06/make-bootable-windows-10-usb-install.html

[dd]

Software como tal si es para una imagen de Win 10 creo que no hay ninguno y si lo hay, lo desconozco.

El comando dd es muy util en estos casos. Conecta el usb a tu Ubuntu y desde la Utilidad de Discos busca el usb y mira en que ruta está montado.
Generalmente es, /dev/sdb1 o /dev/sdc; sea cual sea el caso lo más importante es que si, el punto de montaje terminase con, por ejemplo, 1, no especifiques ese 1, es decir, si el punto de montaje de tu usb es /dev/sdb1, el comando que debes ejecutar es sudo dd if=ruta/imagen/windows of=/dev/sdb, sin el 1 (o dígito que sea).

[sudo update-grub2]

Para ello ejecuta el comando sudo update-grub2

[no debes ejecutar ./configure]

Por lo general este tipo de aplicaciones tiene un archivo readme y/o install revísalo hay siempre dice cómo instalar o cómo es el proceso de instalación.

En este caso no debes ejecutar ./configure porque no hay ningún archivo ./configure en el directorio de ettercap (me he descargado la misma versión para revisar).
El archivo INSTALL dentro del directorio ettercap indica lo siguiente para la instalación  

Código [Seleccionar] Expandir



The easiest way:

$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make
$ make install