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Este es mi algoritmo recursivo, creo que se explica solo

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public class Main{

static int count=0;

    public static void combinaciones(String primero,String cadena) {

    if(cadena.length()==2)
    {
    count=count+2;
    System.out.println(primero+cadena.charAt(1)+""+cadena.charAt(0));
    System.out.println(primero+cadena.charAt(0)+""+cadena.charAt(1));
    }
    else{
    for (int i=0;i<cadena.length();i++) {   
        combinaciones(primero+cadena.charAt(i),quitarLetra(cadena,i));
    }
    }     
    }
    public static String quitarLetra(String cadena,int i)
    {
    if(i==0)
    {
    return cadena.substring(i+1,cadena.length());
    }
    else
    {
    if(i==cadena.length())
    {
    return cadena.substring(0,cadena.length()-1);
    }
    else
    {
    return cadena.substring(0,i)+cadena.substring(i+1,cadena.length());
    }
    }   
    }
    public static void main(String args[]) {
    String cadena="abcda";   
    System.out.println("combinaciones de :"+cadena);   
    combinaciones("",cadena);
    System.out.println("total:"+count);           
    }
}