En Java los Strings son inmutables. Por lo tanto y si miras la documentación de replace verás que devuelve una cadena y no modifica la cadena original. Además replace ya se hace sobre toda la cadena, no necesitas el for interior.
Para darle el formato de seis dígitos enteros puedes usar String.format
Saludos!
Para darle el formato de seis dígitos enteros puedes usar String.format
Código (java) [Seleccionar]
public static void main(String[] args) {
String cadena;
for (int i = 00; i <= 99 ; i++){
cadena = String.format("%06d", i);
System.out.println(cadena.replace('3', 'E'));
}
}
Saludos!