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  Tengo otra versión, donde podes operar con dos variables no impotando el orden en que la ingresaste, sea mayor la primera o no. Es muy sencillo.
esta seria la funcion del proyect.


void MCD(int n1, int  n2)
{
if(n1>n2)
{
    int r=n1%n2;

while(r>0)
   {

           fflush(stdin);
           n1 = n2;
           n2 = r;
           r=n1%n2;

   }
   printf("mcd:%d",n2);
}


if(n1<n2)
{

   int r=n2%n1;

    while(r>0)
   {

        fflush(stdin);
        n2 = n1;
        n1 = r;
        r=n2%n1;

    }

    printf("mcd:%d",n1);
}

}