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Añadiendo una variable "medio", a la cual se le dará la suma de los 3 números(x1 + x2 + x3), pero también se le restará el "mayor" y el "menor", así simplemente quedará el "medio".
Espero que se entienda y que te sirva aunque sea un poco.

#include <stdio.h>

int main ()
{

    float x1,x2,x3,menor,mayor;
    float medio;

    printf ("Ingre los valores :");
    scanf ("%f %f %f",&x1,&x2,&x3);

    menor = x1;

    mayor = x3;


    if ( x2 < menor )
        menor = x2;
    if ( x3 < menor )
        menor = x3;

    if ( x1 > mayor )
        mayor = x1;
    if ( x2 > mayor )
        mayor = x2;
    // Añadiendo esta sentencia, ya que se conoce el mayor y el menor, simplificamos (con sus opuestos)
    // y nos queda... el medio
    medio = x1 + x2 + x3 - mayor - menor;

    printf ("El orden de menor a mayor : %f %f %f\n",menor,medio,mayor);

    return (0);

}