pues no se nunca me ha pasado, si creas un nuevo proyecto y agregas un JFrame dando click derecho en algun paquete y una vez creado das click derecho al icono del frame y despues "Run file" tampoco funciona?
Instalaste JDK 8u65 with NetBeans 8.1 o solo el IDE del sitio de netbeans?
Instalaste JDK 8u65 with NetBeans 8.1 o solo el IDE del sitio de netbeans?