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[I01_INITIALIZATION_FAILED]

Ante todo, agradezco a los dos por contestar.
Dicho lo anterior, efectivamente, ya recurrí al método KISS, pasándole un formateo de bajo nivel, ya había empezado a tirar los coloridos pantallazos azules con error I01_INITIALIZATION_FAILED (0x0000069), solventarlo de la forma complicada es una pérdida de tiempo, pero a veces es el único modo de aprender. Sin embargo, el sistema estaba demasiado inestable, además de contar con varios bloques dañados y archivos del sistema faltantes. Aunque lo único que quería saber era lo que había provocado tal inestabilidad, sigo sin entenderlo en totalidad, supongo que será problema de enrutamiento, algún fallo que afectó el Reg. o las variables que estaban mal.
Nuevamente gracias y un saludo, suerte.

[Windows 7]

Hola comunidad, por favor permítanme presentarles mi problema, resulta que hace alrededor de una semana, el viernes 13 pasado mi Windows 7 se tomó en serio el tema de las supersticiones. Profundizando en el tema diré que cuento con dos HDs, uno de 500 GB y otro de 150 GB, el primero estaba particionado en tres, teniendo instalada una vs. de Linux Mint (L), otra de W7 (C:, y usaba el bootloader Extreme) y otra mayor (E:) para los datos personales y algunos programas.
En la C: siempre me quedaba sin espacio (Advertencia:0 KBs en disco), por lo tanto quería clonarla y restaurarla en una partición mayor, pero no me dio tiempo, ese mismo viernes asombrosamente resulta que el W7 estiró la 'Patha' dejó de funcionar, superponiendo otra partición ( ¿desbordamiento?, según el Partition magic, "a partition is overlapping another one") y llegando a estar en una partición lógica extendida, junto a la D: (ni hoy día consigo entender el cómo).
Después de montones de errores 'Xeldz.1st is missing' y 'winload.exe is missing' y otros tantos death screens conseguí solucionarlo con la ayuda de las herramientas de Hiren's boot, el Linux y otro W7 instalado posteriormente en el HD menor.
Bien hasta aquí, pero el problema de la carencia de espacio en C: no se solventaba, por lo tanto decidí clonar el SO en otra partición de 100 GB (part. D:) del 2º HD, usando el Norton Ghost 15 (que curiosamente al 99% hizo que el SO se reiniciará en un minuto, a pesar de haber clonado bien la partición). Todo bonito hasta hoy mismo cuando ya me decanté por eliminar la antigua partición del W7 ya clonado, la C:, el problema surgió al formatearla, dándome cuenta entonces de que el SO clonado (W7-D:) apuntaba a otra ruta de acceso, a la partición antigua precisamente. Ya no encontraba ni siquiera la consola CMD o el RegEdit, por no hablar de las demás aplicaciones. Inconcientemente edité las variables de entorno cambiando la ruta de acceso por C: en vez D: (a donde apuntaba antes).
Acto seguido el sistema se volvió inestable, dejando de funcionar, incluso el explorer.exe y ahora sin entrar en el escritorio siquiera.
Estoy pensando en cambiar la ruta de acceso de la partición en la que está instalado el nuevo W7, aunque dudo que sea posible siendo partición activa/paginación/SO y también volver a cambiar las variables de entorno, editando el Registro pero actuando desde otro W7 instalado aparte (que obviamente al estar activo toma el nombre de C: haciendo imposible llamar de esta forma otra partición).
¿Qué me recomiendan aparte de formatear?
Agradezco mucho sus respuestas, disculpad por la extensión del manifesto y un saludo compañeros.

EDIT: Finalmente conseguí acceder en la CMD del W7, después de insistir conseguí iniciar también el explorer.exe (que parece ser del 98') e intenté redefinir cada variable en parte manualmente desde la consola (ya que no se puede llegar al SystemPropertiesAdvanced.exe), pero el problema surge al reiniciar la susodicha CMD, resultando que no guarda ninguna modificación en el Registro. Acabo de hacer una copia de seguridad del Reg. y de modificar los valores incorrectos que definen las variables de entorno, el problema aparece al intentar combinar las claves, cuando vuelve a tirar error alegando que la ruta D:\*** no existe.
Agradecería si alguien me podría sugerir alguna forma para combinar dichas claves de Registro. Lo que voy a intentar ahora es editar directamente el Reg. con un editor portable (RegWorkshop 4.5), ya probé con RegEditPE, RegFromApp, RegistryBackup, RegRestoreWizard y RegScanner pero ninguno me sirvió.
Escucho cualquier recomendación, gracias y saludos, que tengan un buen día.