muchas gracias diskontrol, pero al final acabe solucionandolo solo, ejecuté el debuger y daba error al meter en el fopen el stdin, y con razon, ya que el stdin es un tipo string, y lo que tiene que ir en ese lugar en el fopen, debe ser un fichero, asi que lo corregi y puse un bucle para los argumetos y ya me lo hace todo perfecto, muchas gracias, ahora me toca hacerlo con memoria dinamica.