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Muchas gracias, probaré lo de la partición fat aunque hare copias de seguridad hasta que esté totalmente seguro que no se pierden datos, lo raro es que tenga que refrescar el proyecto cada vez que cambio tanto si es de win a ubuntu como al contrario se quedan las clases en blanco y puede que sea por incompatibilidad en algun archivo de configuracion que guarda eclipse en .metadata o algun otro

Si la carpeta esta en la misma particion que el xp y si que falla y pierdo lo ultimo guardado antes de cambiar de sistema, ademas al abrir me salen las clases en blanco y tengo que darle a refress en el proyecto para volver a ver el codigo.
Ahora que lo dices, ese fallo puede deberse a que esta en una particion en ntfs,(en ubuntu la monto como ntfs-3g), ¿podria ser por eso?

En el mismo equipo tengo windows xp y ubuntu, suelo usar ubuntu   pero en ocasiones me tengo que pasar al xp para probar las apps en el y si hay algun fallo no tener que entrar en linux para solucionar lo que afecta a windown y lo ideal seria poder abrir tanto el eclipse de ubuntu como el de windown en el mismo workspace compartido.

Hola,
No le encuentro solucion a compartir el worspace sin que haya problemas.
Cuando cambio de windown a, en este caso Ubuntu, o viceversa, tengo que refrescar el proyecto y la mayoria de las veces los cambios realizados en el otro sistema se pierden.
Supongo (aunque no estoy seguro) que es un problema del tipo de ruta que guarda en su configuracion eclipse, en cada sistema, si no fuera por el C: del  windown podria solucionarlo con un enlace simbòlico y tampoco he encontrado la forma de que eclipse coja rutas relativas  
Alguien sabe si es posible compartirlo sin el riesgo de perder datos?