buen dia...! espero que esto te sirva...
1- vamos a la primera interregante que tienes... un troyano se puede clamuflar en una aplicacion? pues si,existen los programas pertinentes para hacer tal cosa,y claro esta si el programa es un ejecutable
(.exe)(.bat) y todos los archivos ejecutables.
2-y no... los troyanos basicamente cuando son (bindeados) con alguna aplicacion no dan ERROR,
siempre y cuando se haya hecho de forma correcta... ( quiero decir que tus dudas son positivas.)
Los troyanos basicamente tienen las opciones de ejecutarse en segundo plano,osea sin que se muestre alguna instalacion en proceso. y tal opcion es perfecta para ejecutarse despues de ejecutar una aplicacion y/o dicha aplicacion puede ser digamos un mando a distancia para ejecutar dicho troyano.
3- te recomiendo cuando formatees no abrir aplicaciones de tu disco,sin analizarlas. ( ten presente que muchos de los troyanos blindeados con archivos,mayormente son troyanos que son analizados para que los AV(antivirus ) no los reconozcan como POSITIVO.
................... Espero verte ayudado.................
Bienvenido...
...ustedes pueden elegir por algunos de ellos pero en verdad es k no son perfectos si tienen supremacias pero entre ellos,osea yo mayormente no los uso,es mi estilo, Ademas creo k no hay mayor antivirus k uno mismo,saber configurar los browser y cosas asi,en poca palabras es una....piiihhhhhhhhhh