Explicate mejor, yo si lo que quieres es correr un bat oculto podrias usar visual basic script:
Eso lo guardas como .vbs y ejecutara tu .bat oculto
Código (vb) [Seleccionar]
set objshell = createobject("wscript.shell")
objshell.run "comosellamatubat.bat", vbhide
Eso lo guardas como .vbs y ejecutara tu .bat oculto