exec en segundo plano

[sexto]

Hola.
Tengo un Script con un par de "exec" y tengo un problema con él.
Cuando le doy al botón que lo ejecuta (lo llamo por Ajax) sale un GIF de esos dando vueltas y cuando termina el GIF se quita y se puede volver a navegar por la web, pero el servidor se queda bloqueado hasta que termina.
Sin embargo, si redirijo el comando a un archivo y ejecutarlo en segundo plano, no me devuelve nada, o mejor dicho, deja el proceso corriendo y me devuelve el true sin haber terminado.
Hay alguna forma de que al darle, aunque me bloquee la web actual y siga saliendo el gif, ¿no bloquee todo el servidor?

Muchas gracias.