Error al ejecutar bat desde un programa en c#

[kaiserdj]

Buenas tengo el siguiente bat, que ejecuto directamente y funciona sin problemas:

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FOR /F "skip=2 tokens=2*" %%A IN ('REG QUERY "HKLM\Software\JavaSoft\Java Runtime Environment" /v CurrentVersion') DO set CurVer=%%B
FOR /F "skip=2 tokens=2*" %%A IN ('REG QUERY "HKLM\Software\JavaSoft\Java Runtime Environment\%CurVer%" /v JavaHome') DO set JAVA_HOME=%%B
echo JAVA_HOME: %JAVA_HOME%
SET JAVA=%JAVA_HOME%\bin\javaw.exe
echo JAVA: %JAVA%
El problema surge cuando lo ejecuto desde un programa en c#, la funcion es la siguiente:

Código [Seleccionar] Expandir

           string bat = System.IO.Path.Combine(Directory.GetCurrentDirectory(), "start.bat");

           string Xmx = this.textBox1.Text;
           string Xmn = this.textBox2.Text;
           string NAME = this.textBox3.Text;

           Process proc = null;
           proc = new Process();

           proc.StartInfo.FileName = bat;
           proc.StartInfo.Arguments = String.Format("{0} {1} {2}", Xmx, Xmn, NAME);
           proc.StartInfo.UseShellExecute = false;
           proc.StartInfo.CreateNoWindow = true;
           proc.StartInfo.WorkingDirectory = Path.GetDirectoryName(proc.StartInfo.FileName);
           proc.StartInfo.RedirectStandardOutput = true;
           proc.StartInfo.RedirectStandardError = true;
           proc.Start();

           string procOutput = proc.StandardOutput.ReadToEnd();
           string procError = proc.StandardError.ReadToEnd();

           TextWriter outputlog = new StreamWriter(System.IO.Path.Combine(Directory.GetCurrentDirectory(), "instancias\\pruebas\\.minecraft\\log.txt"));
           outputlog.Write(procOutput);
           outputlog.Close();

           TextWriter outputerror = new StreamWriter(System.IO.Path.Combine(Directory.GetCurrentDirectory(), "instancias\\pruebas\\.minecraft\\error.txt"));
           outputerror.Write(procError);
           outputerror.Close();
El log que proporciona al ejecutar desde el programa en c#:

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SET BASE=.\
FOR /F "skip=2 tokens=2*" %A IN ('REG QUERY "HKLM\Software\JavaSoft\Java Runtime Environment" /v CurrentVersion') DO set CurVer=%B
FOR /F "skip=2 tokens=2*" %A IN ('REG QUERY "HKLM\Software\JavaSoft\Java Runtime Environment\" /v JavaHome') DO set JAVA_HOME=%B
echo JAVA_HOME:  
JAVA_HOME:
SET JAVA=\bin\javaw.exe
JAVA: \bin\javaw.exe
No se a que se debe que dejen de funcionar los FOR cuando este se ejecuta desde un programa en c#

El problema es que no se guarda la variable del directorio donde esta java instalado

Muchas gracias y un saludo