¿Se puede machacar una instalación de Linux junto a Windows con otra?

[novicio]

Se tiene un ordenador ACER Aspire E5 con Windows 8.1 nativo. Se hace una partición y se instala un Linux en la misma (desde USB). Se modifica el UEFI y se desactiva en la BIOS (o como se llame ahora) el Security Boot.
De tal manera que, actualmente, si al arrancar no se toca nada entra directamente en Windows; si al arrancar se pulsa F12 sale una pantalla que pregunta si se quiere entrar en Windows o en el sistema de Linux instalado.
-------- Eso es lo que hay ahora mismo.
¿Se podría desde USB machacar la partición (es única /; sin swap ni Home ni nada, solo una partición) machacar ese Linux e instalar otro? La pregunta va sobre todo por el arranque. Al haber ahora ya un arranque dual (sólo si se pulsa F12, sino se arranca Windows directamente) y durante la instalación del nuevo Linux decirle que el arranque lo ponga en /sda (como está ahora) ¿podría suceder que se estropeara el arranque? ¿O simplemente se instalaría un nuevo arranque con opciones Windows y Nuevo-Linux, y el arranque que hay ahora simplemente desaparecería?
EDITO: en mi caso concreto, No. No se pudo, la nueva instalación de Ubuntu, sin desinstalar previamente la primera, produjo que se estropease el gestor de arranque, y como consecuencia que se pudiese iniciar Ubuntu, pero no Windows 8.1, porque el MBR no lo podía encontrar. Para algún caso similar: propongo -sin asegurarlo ni darlo como consejo porque no lo puede comprobar, solamente de lo que he leido- desisnstalar primero el primer Ubuntu y luego instalar el segundo.
Doy el tema por solucionado; o terminado.