Hola, me gustaria saber si hay algun programa para Linux, para copiar el contenido de las usb que se conecten en mi equipo, pero de forma invisible?
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Te refieres de forma automática? Yo en tu caso utilizaría un programa de backup o escribiría algún script que me lo hiciese. Como imagino que de scripts no entenderás mucho, busca algún programa de backup.
Con un script es más que suficiente, en 2 líneas lo tienes resuelto. Eso sí, como no te lo montes bien y el pendrive empiece a parpadear cuando el propietario no acceda a él y te pille... ;-)