Archivos que quedan huérfanos

[Celedonio]

Me refiero a archivos que quedan instalados y no se pueden borrar, después de desinstalar un juego o programa

[Reina_Negra]

Para linux hay varios comandos y windows algún programa bueno 
Que sistema operativo utilizas?

[Eleкtro]

Si te refieres al hecho de no poder eliminar archivos debido a que están siendo usados/accedidos por otros procesos, entonces puedes recurrir a la utilización de File Governor:
http://www.novirusthanks.org/products/file-governor/

Saludos.

[Reina_Negra]

Bueno, al final no he entendido bien la pregunta, pero puedes usar el típico (CCleaner) para hacer una limpieza a fondo de archivos que no tienen un "padre", es una herramienta sencilla y muy útil.
Te dejo el link por si quieres echarle un vistazo (la versión de pago es más eficiente): https://www.piriform.com/ccleaner/download

Luego hay otra que he usado una vez cuando tenía la misma duda que tú, mira a ver si te soluciona algo, y al igual que el CCleaner, la version de pago es mejor: http://www.geekuninstaller.com/

Un saludo!