Ayuda para borrar un virus

[danicasasm]

Tengo una página web hecha con php. Hace un tiempo me entró un virus que añadió una linea "<?php /**/ eval(base64_decode("JGs9MTI0OyR....." en todos los archivos.

Tengo indtalado el oscommerce, con cientos de archivos php, muchos  modificados por mí, y no quiero reinstalarlo todo de nuevo.

Agradecería algún consejo para modificar todos los archivos, con un script, cgi o lo que sea.
se trataría de ir carpeta por carpeta y archivo por archivo, eliminando las líneas que empiezan por "<?php /**/ eval(base64_decode("

Si pueden aconsejarme por dónde empezar con los CGI, (no tengo muy claro que puede hacerse con eso...) ya me las apañaré.
-Soy novato en la programación web pero he trabajado mucho con VB, C y PHP-

Gracias.

[Shell Root]

Podrías hacer esto con este software :http://www.digitalvolcano.co.uk/content/textcrawler

[danicasasm]

Muchas gracias por la ayuda.
Ese programa no puede abrir un directorio de la web, pero puedo bajarlos, arreglarlos y volverlos a subir todos de golpe.